Nel 451 la ribellione del patriarca Dioscoro, che, avendo accettato l'eresia monofisita, era stato condannato dal Concilio di Calcedonia, staccò definitivamente la Chiesa copta dall'autorità di Bisanzio, sanzionando un conflitto che era anche politico. Nel 616 i Persiani, guidati da Cosroe, invasero l'Egitto, tenendolo in loro potere fino al 628 e, dopo una brevissima riconquista bizantina, intervennero gli Arabi che nel 641 lo invasero al comando di Amr ibn al-As, battendo i Bizantini a Heliopolis. Il Paese, entrato nella diretta sfera politico-amministrativa del califfato musulmano, andò arabizzandosi gradualmente, senza islamizzarsi del tutto, giacché le comunità copte mantennero la loro religione cristiana.

Sotto gli Ayyubiti (1171-1250), l'Egitto estese il suo controllo allo Yemen, alla Siria, alla Palestina, alla Nubia, alla Cirenaica e successivamente anche alla Mesopotamia. La potenza ayyubite però decadde presto a causa soprattutto della crescente influenza, nello stesso interno delle strutture fatimite, dell'elemento militare turco costituito in prevalenza da ex schiavi (arabo mamluk) che riuscirono ad avere nelle loro mani il potere effettivo e ressero i destini dell'Egitto e dei Paesi limitrofi dal 1250 al 1517. A tale data i Turchi ottomani sconfiggevano l'ultimo sovrano mamelucco, incorporando l'Egitto nel grande Impero turco.

Nei sec. XVI-XVIII l'autorità ottomana sull'Egitto fu esercitata da governatori inviati da Costantinopoli: autorità contemperata di fatto da quella dell'aristocrazia feudale militare da cui erano stati espressi i precedenti sovrani mamelucchi. La spedizione napoleonica del 1798 e l'occupazione francese fino al 1801, benché conclusesi senza risultati positivi, determinarono una crisi nelle strutture politico-sociali del Paese, rivelando agli Egiziani i valori tecnici della civiltà europea. L'Egitto sembrava votato all'anarchia allorché Muhammad Ali – ufficiale turco di origine albanese – riuscì abilmente a impadronirsi della situazione nel 1805 e, sgominati i Mamelucchi (1811) pose mano all'ambiziosa opera di rinnovamento sociale e di riforme, proseguita dal figlio Said Pasciá e dal successore di questo, Ismail Pasciá, che estese l'autorità del governo sul Sudan fino ai Grandi Laghi. L'intenso ritmo dei lavori pubblici (tra cui il taglio dell'istmo di Suez) portò però alla rovina la già compromessa situazione finanziaria, offrendo all'Europa l'occasione per intervenire. Motivo ultimo fu la "rivolta dei colonnelli" (1881), condotta da Arabi Pasciá: gli Inglesi occuparono il territorio e lo tennero fino al 1914 senza una ben definita fisionomia giuridica.