Tra le tracce più antiche di presenza umana nel territorio egiziano vi sono manufatti  risalenti ad oltre 40.000 anni fa.  Molto numerose le tracce relative ai tempi neolitici, nei quali si avevano villaggi di capanne, tombe con abbondante corredo funebre, prodotti fittili, oggetti di ornamento e amuleti, nonché un'intensa attività agricola e l'allevamento del bestiame.

L'inizio dell' età storica si situa intorno al 3200-3000 a. C. (o intorno al 2850 secondo la cosiddetta cronologia corta). Per quanto le vicende e perfino l'ordine di successione dei sovrani presentino vaste zone di incertezza, si assiste in questo periodo al formarsi di uno Stato centralizzato, sottoposto all'autorità di un re-dio (gli competono infatti i titoli di "Horus" e "Le due Signore" che lo identificano appunto con queste divinità) coadiuvato da una già efficiente schiera di funzionari, il che permette la progettazione e l'attuazione di lavori a largo raggio, come lo scavo di canali e la costruzione di dighe, primo indispensabile passo verso l'ampliamento dell'agricoltura e la trasformazione dell'economia. I regni dei successori, Cheope, Chefren e Micerino, sono noti quasi esclusivamente attraverso le loro imponenti costruzioni funerarie, le piramidi di Gîza, che testimoniano di un'economia accentrata nelle mani del sovrano e di una sapiente organizzazione del lavoro collettivo.

Nulla sappiamo di preciso sulle cause ultime della fine della dinastia, culminata in una rivoluzione sociale che traeva la sua origine da cause assai più antiche e di cui approfittarono i nobili provinciali per crearsi una loro autonomia nei paesi di origine. Il  I periodo intermedio(2220-2065 ca.) fu un'epoca dalle caratteristiche feudali, in cui l'Egitto appare frazionato in piccoli potentati autonomi foggiati sul modello della monarchia centrale.

Sesostri III fu  uno dei più grandi faraoni della storia egizia e il suo nome ricorre anche nelle leggende narrate dagli storici greci. Fece fortunate campagne in Palestina e in Nubia, dove stabilì fortezze.  Sotto i successori Amenemhat IV e Sobekneferura (una regina) avviene una rapidissima decadenza che dà inizio al  II periodo intermedio(1785-1580 ca.), periodo che presenta tuttora molti punti oscuri, a cominciare dalla sua durata che oggi è valutata a ca. 200 anni (o ancor meno). L'Egitto appare di nuovo smembrato: nella regione tebana continua, almeno formalmente, la regalità indigena con la XIII e la XIV dinastia, mentre nel Delta iniziano, dapprima lentamente sotto forma di infiltrazioni e poi in forma sempre più violenta, le invasioni di popolazioni nomadi asiatiche, i cosiddetti Hyksos (principi dei popoli stranieri).   Fu intorno al 1580 a. C. che si arrivò allo scontro diretto tra gli Hyksos e gli Egiziani in grado ormai di far leva sul nazionalismo indigeno, mortificato dall'invasione. Uno dei re della XVII dinastia tebana, Seqnenra, probabilmente morì in battaglia (la sua mummia presenta un'ampia ferita alla fronte); il suo successore Kamose continuò la lotta che fu portata a termine da Ahmose, il fondatore della XVIII dinastia. Costui assediò Avaris e la conquistò, inseguendo gli invasori fin nella Palestina meridionale.

Si iniziava così, in questo clima di vittoria e nell'esaltata rinascita di uno spirito nazionale, il  Nuovo Regno(1580-1085 ca.), uno dei periodi più floridi e fortunati dell'antico Egitto.  Tuttavia la fluidità del mondo asiatico, teatro di continue lotte locali e continuamente premuto da invasori provenienti da est (prima i Mitanni, poi gli Ittiti e più tardi gli Assiri, i Neobabilonesi e infine i Persiani)  richiese continui interventi armati.  Amenofi III, figlio e successore di Thutmose IV, cercò di mantenere in pace l'impero, creando alleanze anche per mezzo di matrimoni con principesse straniere.  La XIX dinastia,  portò al potere una famiglia di militari originaria del Delta. Essi mantennero la capitale a Tebe, ma nello stesso tempo conservarono legami assai stretti con la loro città di origine e, con fine intuito politico, affiancarono al dio nazionale Ammone i loro dei Seth, venerato a Tani, Ptah, il dio dell'antica capitale Menfi, e Râ, il potente dio di Eliopoli.   Il successore di Ramesse I, Seti I, contrastò vittoriosamente le ribellioni in Asia, fomentate dagli Ittiti, e le invasioni delle tribù ariane provenienti dalla Libia.

La lotta contro gli Ittiti fu proseguita dal figlio Ramesse II, forse il più famoso dei sovrani egiziani, che ebbe un regno lunghissimo e si segnalò soprattutto per la sua attività di costruttore. Ai primi anni del suo regno, intorno al 1294, risale la famosa battaglia di Qadesh contro gli Ittiti, che ebbe esito incerto anche se poi fu sfruttata da Ramesse, con abile propaganda, come una splendida vittoria personale. Il vero successo della battaglia si ebbe però nella stipulazione di un trattato di pace, suggellato da un matrimonio tra il faraone e la figlia del re degli Ittiti, in cui, oltre alla reciproca convivenza, i due popoli si impegnavano alla mutua difesa, soprattutto in vista di un nuovo pericolo proveniente da Oriente: gli Assiri.

Ormai l'Egitto non poteva più contare sul suo isolamento, nuove forze entravano in gioco sconvolgendo gli antichi equilibri, armate potenti premevano sia da Oriente, sia dal mare, sia dalla Libia, fresche di nuove energie e dotate di armi più potenti. Era la crisi del passaggio dall'Età del Bronzo all'Età del Ferro e l'Egitto, privo di minerali utili e ancorato alle sue tradizioni ormai millenarie, restava al di fuori, sorpassato, mentre la sua stessa estensione e il tradizionale antagonismo tra Delta e Vallata ne impedivano un'efficace difesa.  I Greci penetrarono in Egitto come mercenari e mercanti, ampliando gli orizzonti della cultura indigena. All'esterno intanto la potenza neobabilonese si era sostituita a quella assira e con essa cozzarono Nekao, che fu sconfitto da Nabucodonosor, e Apries, che fu poi detronizzato dal suo generale Amasi. Il figlio di Amasi, Psammetico III, fu a sua volta sconfitto dal re persiano Cambise, che nel 525 invase l'Egitto, installandovi una satrapia. La XXVII dinastia di Manetone è appunto costituita dai sovrani persiani Cambise, Dario I, Serse, Artaserse, Dario II (525-404). L'Egitto fu reso di nuovo indipendente da Amirteo di Sais, l'unico re della XXVIII dinastia (404-398), e riuscì, pur con alterne vicende, a conservare la libertà per altre due dinastie indigene, la XXIX con capitale Sebennito e la XXX con capitale Mendes (entrambe nel Delta). Tuttavia nel 341 l'Egitto ricadde sotto il dominio persiano cosicché Alessandro Magno, quando nel 332 conquistò il Paese, apparve come un liberatore e fu proclamato "Figlio di Ammone" dall'oracolo dell'oasi di Sîwa.

Dopo la morte di Alessandro Magno, iniziò il regno dei sovrani tolemaici, nato dalla spartizione dell'impero di Alessandro tra i suoi generali (i Diadochi) e dall'assegnazione della regione a Tolomeo Lago, che nel 304 vi assunse il titolo di re sull'esempio di quanto aveva fatto Antigono di Siria. La dominazione tolemaica rappresentò nel complesso un periodo di pace e di benessere e durò per tre secoli, fino al 31 a. C., quando la flotta di Cleopatra e Marco Antonio fu sconfitta ad Azio da Ottaviano. Dell'amministrazione faraonica, i Tolomei conservarono e potenziarono l'organizzazione burocratica, il sistema fiscale, il carattere ufficiale imposto anche alle trattative private con la stesura di contratti depositati presso un notaio. Vi sono notizie di rivolte, specie nella Tebaide, la regione più lontana dal potere centrale e in cui più viva restava la tradizione, specie sacerdotale, finché nell'84 a. C. Tebe fu distrutta da Tolomeo IX Latiro. Un tentativo di far leva sul nazionalismo più vasto fu compiuto dall'ultima regina d'Egitto, Cleopatra VII, l'unica che parlasse la lingua egizia, ma il suo sogno finì con la sconfitta di Azio. I Romani, conquistato l'Egitto, ne fecero una provincia a statuto speciale rispetto alle altre province dell'Impero, governata dagli stessi imperatori per mezzo di un prefetto di rango equestre. Inoltre il territorio era interdetto ai personaggi di rango senatorio. E gli imperatori, come già i Tolomei, si considerarono eredi dei faraoni e si fecero spesso rappresentare in abito e stile egizi, col nome in geroglifici racchiuso in un cartiglio. Nei sec. I e II l'Egitto fu considerato "il granaio dell'impero" e da questa pesante situazione uscì fortemente impoverito, mentre sempre più si accentuava lo sfacelo delle classi abbienti, costrette a compiti amministrativi di cui dovevano sostenere anche le spese. Con la riforma dioclezianea l'Egitto venne diviso in tre province e venne a far parte della  Diocesis Orientis governata da un prefetto avente sede in Antiochia. In questo periodo l'elemento ellenizzato, tranne che in Alessandria, andò perdendo la sua supremazia, mentre si fece strada di nuovo quello indigeno. Nello stesso tempo si andava sempre più diffondendo, specie tra gli indigeni, il cristianesimo e si sviluppava una nuova lingua erede dell'antico egiziano, ma scritta in caratteri greci: il copto. Tuttavia anche l'avvento del cristianesimo non placò le lotte civili; anzi, dapprima si ebbero le fanatiche persecuzioni degli ultimi pagani, poi le contese, sempre violente, tra melchiti e monofisiti in cui si rispecchiava forse la sempre viva tensione tra mondo alessandrino e mondo indigeno, contadino, il primo volto a raffinate speculazioni teologiche, mentre il secondo, più rozzo ed elementare, diede vita al fenomeno del monachesimo.